某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。 　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。

小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......

小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 　　《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。

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第1话 告诉我，老师　　草薙桂是住在某个乡下的高中一年级学生，他在某个夜晚目击了一艘宇宙船迫降於湖上的情形。隔天，他的班上新来了一个超级丰满的美女教师「风见瑞穗」，而瑞穗老师的新家刚好就在草薙家隔壁。小桂直到在帮忙她搬运行李时，才发现原来昨晚看到的外星人就是瑞穗，瑞穗虽然用尽各种方法急欲掩饰秘密，但是小桂却极力抵抗……　　第2话 我会娶不到老婆的　　在非常凑巧的情况下，小桂与瑞穗两人被困在体育用具室里。密室中的尴尬气氛到最後却演变成无比的亲近感，小桂与瑞穗并分别透露了自己的秘密（瑞穗的真正身份是外星人派驻地球的监视员，而小桂则是罹患了一种会导致精神和肉体组织呈现暂时性假死状态的怪病）。两人最後虽然终於获救，但是却不幸被校长发现，为了摆脱校长的质疑，小桂於是便在大家面前说：「其实我是瑞穗的丈夫！」　　第3话 这下糟了，老师　　小桂与瑞穗因为之前所发生的事，被迫不得不真的要结婚了，这件事他们当然没有在学校公开，不过同学们（漂介、阿跨、小石、小枫、小莓）却注意到了小桂最近态度上的异常。小桂与瑞穗在阿实叔夫妇的见证下，於瑞穗的公寓里举行了小小的婚礼，并从此开始同居生活。但是没想到，漂介他们却刚好在此时跑来小桂家找他……　　第4话 或许真的喜欢她　　同居了一个星期之後，小桂与瑞穗之间的感情产生了些许的变化。小桂为了要与小石去看电影，於是便取消了原本与瑞穗说好要一起念书的约定，瑞穗在看到小桂与小石出门後感到非常不安，於是便偷偷的跟在他们後面，但最後还是被小桂发现。对於瑞穗的行为以及她的藉口「这是阿实叔要我这麽做的」，小桂感到非常气愤，当他正打算骂瑞穗时，却突然病发陷入了停滞状态……　　第5话 这样的老师，我…　　在阿实的安排下，小桂与瑞穗终於来到一个南方的小岛渡蜜月，在这里没有人知道他们的秘密。只是没想到，两人才刚到岛上就遇见班上的同学们和山田老师，害得小桂与瑞穗只得凡事保持距离，一个好好的蜜月就这麽毁了。更糟的是，阿跨在夜里走错房间爬到了瑞穗的床上，而且还毛手毛脚了起来，瑞穗以为是小桂回来了，不由得心跳加速红通了脸……　　第6话 从头开始　　小桂原本计画利用暑假加深两人间的关系，但此时瑞穗的母亲「初穗」与妹妹「真穗」却突然出现了。对於小桂的存在，向来与姊姊很要好的真穗感到十分气愤，因而老是喜欢找小桂的麻烦，最後还把他赶了出去，於是小桂只好回头投靠阿实叔。然而小桂的灾难并未就此结束，真穗竟然企图利用她的传送系统把小桂转移到别的次元空间，让他从此永远在宇宙中漂流……　　第7话 老师不要哭　　真穗始终无法理解姊姊为什麽会跟比她年纪小、并且看起来瘦弱无力的小桂结婚。真穗相信这背後一定有什麽原因，於是便开始跟踪小桂，最後竟然在放暑假的学校里看到小石与小桂亲昵的场面。瑞穗在知道这件事後伤心地独自啜泣，眼看着姊姊受人欺负，真穗的怒火终於爆发了！她一心盘算着如何将小桂传送到异次元空间……　　第8话 漫长之夜　　第二学期开学了，瑞穗与小桂两人也从甜蜜的新婚恢复成日常的生活。小莓在发现小石非常羡慕小枫与漂介在一起之後，便开始怂恿小石向小桂告表白，而小桂此时正好因为一些小事与瑞穗吵架，为了刻意让瑞穗感到吃味，小桂於是答应了小石的邀请，并相约在火车站的月台见面……　　第9话 结束吧　　小石向小桂表白被拒的事一下就传开了，小莓在得知消息後便把小桂找了出来，质问他拒绝小石的理由。小桂看到平时态度向来冷静的小莓竟然如此激动，心中不免感到些许困惑，但也只能诚实地告诉小莓自己的心情与想法，不料小莓却突然在小桂面前倒地不起。没错，原来小莓也跟小桂一样患有「停滞病」……　　第10话 可是　　为了不让小莓继续停滞，小桂不但离开瑞穗搬回到阿实叔家住，还答应了小莓要与小石交往，但这种虚伪的行为与心情却逐渐腐蚀了他的心。瑞穗非常了解小桂的心情，尽管心里百般的不愿，却也只能默默的在一旁看着他们两人发展。直到亲眼目睹小桂与小石亲吻的场景，瑞穗终於无法抑制自己的悲伤，泪流满面地转身跑开，这时大家才察觉到小桂和瑞穗老师之间不寻常的感情……　　第11话 老师　　小桂不愿承受现实世界的悲伤，因而再度陷入了停滞状态，任凭瑞穗用尽各种方法就是无法苏醒过来。小桂在昏迷中遇见一位少女，少女一直灌输他现实世界的种种不好，希望小桂跟她一起在永恒的世界中旅行，所幸对於瑞穗老师的牵挂终究还是使小桂回心转意，决定回到有限的现实世界。然而，当小桂苏醒後，瑞穗老师却已经不见了……　　第12话 再一次，老师　　瑞穗犯了职务上的大忌，因此被银河联盟高层强制送回本部，并且受命不得继续监看小桂的一举一动，而小桂的记忆也被强制封锁，完全忘记了瑞穗的存在。一年後，瑞穗在母亲和妹妹的协助下强行重返地球，并再度当上了小桂那一班的导师，然而这时候的小桂根本不记得她，一切反应与初见面的陌生人无异，瑞穗为此伤心欲绝……　　第13话 秘密的俩人　　小桂最後终於恢复了对瑞穗的记忆，小俩口又像往日般幸福地生活在一起，小桂也更确定了对瑞穗的爱。只是好景不常，初穗和真穗突然又跑来地球，而且这次是冲着小桂而来的，因为她们两人也都喜欢上了小桂，於是纷纷使出浑身解数来纠缠、诱惑小桂。面对初穗与真穗绵密的攻势，小桂已经慌得不知该如何是好，而瑞穗为了抢回自己的丈夫也不惜与初穗翻脸。这一切已陷入了无法言喻的混乱……

某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子 配音）家的庭院之中。　　铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着铃可，穿越回了十六世纪的战国时代，在哪里等待着他们的，除了新奇刺激的体验，还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。

她是一个救世主，却又是一个普通的战斗机器人，可是身为战斗机器人的她，觉有着一颗美妙动人纯洁的心！这颗一切美妙动人纯洁的心，给我们带来了一个美妙动人纯洁的故事，让我融入其中，成为一片看不见的影子！这一切都是围绕着一个机器人麻幌和他的朋友或是说恋人美里优展开的！对于我，只是一个过客！ 麻幌是太白星最强的战士，她是个机器人，可她拥有一颗美妙动人纯洁的心。因为一次拯救世界的事件，她迫不得已的杀死了美里友的父亲，一位唯一理解她的人，从此开始了孤独与寂寞！正因为如此，她在即将消亡的时刻选择了报恩，来到了美里友的家里，做了他家的女佣，而失去父母的美里优，对这事情的一切都一无所知，只有对父母的思念和伤痛。 “麻幌，17岁，职业是女佣！”一位可爱伶俐的姐姐出现在绣球花绽放的庭院里，为了报恩，把最后的时光奉献给了美里优，而她自己，只有短短的398天生命了！但是她依然微笑，拼命的做家务，而她的心里，是如同海底石头一样孤独寂寞...... 最后，麻幌为了保护地球，死了！又留下了美里优一个人在忍受着寂寞的苦苦的等待她的回归。他又成了一个人，那悲伤从滚滚的海浪里涌来！ 苦苦的等待了二十年后，优已经忍受尽了人间悲伤，已经对孤独反感了，内心的孤独已经转变成了对所有事物的仇恨，他仇恨所有想破坏地球的机器人，成了一名机器人杀手。成为机器人杀手的他，已经对世界无情无意了，在一次任务中，他被人给刺杀，受重伤的时候，终于碰见了女神玛修为了他而留下一段回忆重生后麻幌（麻幌此时已经不是机器人了！），他苦苦等待二十年的人。美里优见到了麻幌，起初不相信，可是听到麻幌说：“我知道优是不会变的！”他终于发现，那是真的麻幌，他们一起回到了二十年前那绣球花绽放的庭院，抱在一起！

双叶幼儿园的游园会快到了，往年都会在游园会里跳春日部舞，但今年松阪老师却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永老师和上尾老师的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼儿园里，吉永老师却不同前一晚的态度，大力向园长建议游园会上应该跳热情的森巴……

这部《魔胎传》有两集，分别是上集《狂王復活への祈り》和下集《新宿摩天楼大戦 》。有些人说剧情不衔接之前三部曲这是事实，但其实这部的故事设定发生在之前三部曲之间，相当于是补了一作插叙，目的是为创造出“狂王”这个可以对抗超神的力量好让剧情得以延续下去。

小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了保护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵，小新却在无意间，将两颗珠珠放进封印贾克的人俑里，魔人贾克被释放出来了......

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。　　唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。　　之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。